穴通磯は西側に急傾斜した大船渡層群飛定地層からなります。3つの穴が開いている、碁石海岸を代表する奇岩です。地層と地層が重なる境界面や割れ目はほかの部分より強度が弱いので、波による侵食を受けて崩れたり削られたりして、3つの洞門が形成されたと考えられています。
化石が多く産出することでも知られています。半島北部の長磯の大船渡層群飛定地層の砂が堆積してできた岩のなかから、おもに二枚貝類、巻貝類、頭足類、サンゴ類、植物化石などが見つかっています。
化石が多く産出することでも知られています。半島北部の長磯の大船渡層群飛定地層の砂が堆積してできた岩のなかから、おもに二枚貝類、巻貝類、頭足類、サンゴ類、植物化石などが見つかっています。